RNA聚合酶能夠識別并結(jié)合到DNA上的特定區(qū)域，這些區(qū)域被稱為啟動子。在原核生物中，啟動子通常包含兩個保守的序列元件，分別是位于轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)上游約-10和-35位置的TATA盒（Pribnow box）和TTGACA序列。RNA聚合酶通過其σ因子識別并結(jié)合到這些保守區(qū)域上，從而實(shí)現(xiàn)對基因表達(dá)的精確調(diào)控。

在真核生物中，啟動子結(jié)構(gòu)更為復(fù)雜，通常包括核心啟動子元件、上游啟動子元件以及增強(qiáng)子等。其中，核心啟動子包含TATA盒、起始子（Inr）、下游啟動子元件（DPE）等多個重要序列。RNA聚合酶II識別并結(jié)合到這些元件上需要依賴一系列轉(zhuǎn)錄因子的輔助。例如，在轉(zhuǎn)錄起始過程中，基本轉(zhuǎn)錄復(fù)合物首先通過TBP（TATA-box binding protein, TATA盒結(jié)合蛋白）與DNA上的TATA盒相結(jié)合，隨后招募其他轉(zhuǎn)錄因子和RNA聚合酶II形成預(yù)啟動復(fù)合物，最終實(shí)現(xiàn)基因轉(zhuǎn)錄的精確調(diào)控。

總之，無論是原核還是真核生物，RNA聚合酶對啟動子序列的識別都是通過特定的蛋白質(zhì)-DNA相互作用來完成的，這一過程對于確保基因表達(dá)的時間、空間特異性具有重要意義。