免疫系統(tǒng)能夠區(qū)分自身與非自身物質(zhì)，主要是通過(guò)一系列復(fù)雜的識(shí)別機(jī)制來(lái)實(shí)現(xiàn)的。首先，免疫細(xì)胞如T細(xì)胞和B細(xì)胞表面具有一系列受體，這些受體能夠特異性地識(shí)別特定的分子結(jié)構(gòu)，即抗原。人體內(nèi)的每個(gè)細(xì)胞都表達(dá)一種叫做主要組織相容性復(fù)合物（MHC）的蛋白質(zhì)，這種蛋白質(zhì)可以將細(xì)胞內(nèi)部的肽段展示在細(xì)胞表面。

正常情況下，免疫系統(tǒng)通過(guò)T細(xì)胞上的TCR（T細(xì)胞受體）與自身MHC分子結(jié)合的方式學(xué)習(xí)識(shí)別“自我”。在這個(gè)過(guò)程中，那些對(duì)自身抗原反應(yīng)過(guò)于強(qiáng)烈的T細(xì)胞會(huì)被消除或轉(zhuǎn)化為調(diào)節(jié)性T細(xì)胞，以減少自身免疫疾病的發(fā)生。這一過(guò)程主要發(fā)生在胸腺中，被稱(chēng)為中樞耐受。

當(dāng)外來(lái)物質(zhì)如病毒、細(xì)菌等進(jìn)入體內(nèi)時(shí)，它們的蛋白質(zhì)或其他分子結(jié)構(gòu)會(huì)被處理并展示在感染細(xì)胞表面的MHC上。這種非自身的抗原-MHC復(fù)合物能夠被T細(xì)胞識(shí)別，并觸發(fā)免疫反應(yīng)。此外，B細(xì)胞也可以直接與某些類(lèi)型的外源性抗原結(jié)合，進(jìn)而啟動(dòng)體液免疫應(yīng)答。

總之，通過(guò)MHC分子、TCR及BCR（B細(xì)胞受體）等機(jī)制的共同作用，加上中樞和外周耐受機(jī)制，免疫系統(tǒng)能夠有效地識(shí)別并區(qū)分自身與非自身的物質(zhì)。