細(xì)菌和真菌的名稱中均有一個(gè)“菌”字，同屬微生物，但兩者在生物類(lèi)型、結(jié)構(gòu)、大小、增殖方式和名稱上卻有著諸多不同。比較如下：

1．生物類(lèi)型：一是就有無(wú)成形的細(xì)胞核來(lái)看：細(xì)菌沒(méi)有核膜包圍形成的細(xì)胞核，屬于原核生物；真菌有核膜包圍形成的細(xì)胞核，屬于真核生物。二是就組成生物的細(xì)胞數(shù)目來(lái)看：細(xì)菌全部是由單個(gè)細(xì)胞構(gòu)成，為單細(xì)胞型生物；真菌既有由單個(gè)細(xì)胞構(gòu)成的單細(xì)胞型生物（如酵母菌），也有由多個(gè)細(xì)胞構(gòu)成的多細(xì)胞型生物（如食用菌、霉菌等）。

2．細(xì)胞結(jié)構(gòu)：細(xì)菌和真菌都具有細(xì)胞結(jié)構(gòu)，屬于細(xì)胞型生物，在它們的細(xì)胞結(jié)構(gòu)中都具有細(xì)胞壁、細(xì)胞膜、細(xì)胞質(zhì)，但卻存在諸多不同，具體表現(xiàn)在：一是細(xì)胞壁的成分不同：細(xì)菌細(xì)胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌細(xì)胞壁的主要成分是幾丁質(zhì)。二是細(xì)胞質(zhì)中的細(xì)胞器組成不同：細(xì)菌只有核糖體一種細(xì)胞器；而真菌除具有核糖體外，還有內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、高爾基體、線粒體、中心體等多種細(xì)胞器。三是細(xì)菌沒(méi)有成形的細(xì)胞核，只有擬核；真菌具有。四是細(xì)菌沒(méi)有染色體，其DNA分子單獨(dú)存在；真菌細(xì)胞核中的DNA與蛋白質(zhì)結(jié)合在一起形成染色體（染色質(zhì)）。

3．細(xì)胞大小：原核細(xì)胞一般較小，直徑一般為1μm~10μm；真核細(xì)胞較大，直徑一般為10μm~100μm。

4．增殖方式：細(xì)菌是原核生物，為單細(xì)胞型生物，通過(guò)細(xì)胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌為真核生物，細(xì)胞的增殖主要通過(guò)有絲分裂進(jìn)行，因真菌種類(lèi)的不同其個(gè)體增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。

5．名稱組成：盡管在細(xì)菌和真菌的名稱中都有一個(gè)菌字，但細(xì)菌的名稱中一般含有：球、桿、弧、螺旋等描述細(xì)菌形態(tài)的字眼，只有乳酸菌例外（實(shí)為乳酸桿菌）；而真菌名稱中則不含有。