1、胃癌

主要手段為內鏡活組織病理檢查。對于懷疑惡性潰瘍的患者，應行多處內鏡下活檢，陰性者必須短期內復查內鏡并再次活檢。內鏡下惡性潰瘍形狀不規(guī)則，底凹凸不平，苔污穢，邊緣結節(jié)樣隆起。X線鋇餐為鑒別診斷提供一定依據，龕影位于胃腔之內，邊緣不整，龕影周圍胃壁僵硬，呈結節(jié)狀隆起，向潰瘍聚集的皺襞有融合和中斷現象。

2、功能性消化不良

患者常表現為上腹疼痛、反酸、噯氣、胃灼熱、上腹飽脹、惡心、嘔吐、食欲缺乏等，部分患者癥狀可酷似消化性潰瘍，易于消化性潰瘍診斷相混淆。內鏡檢查則示完全正常或輕度胃炎。

3、慢性膽囊炎和膽石癥

對疼痛與進食油膩有關、位于右上腹、并放射至背部且伴發(fā)熱、黃疸的典型病例不難與消化性潰瘍作出鑒別。對不典型的患者，鑒別需借助腹部B超或內鏡下逆行膽管造影檢查。

4、胃泌素瘤

又稱卓-艾綜合征（Zollinger-Ellison綜合征），由胰腺非B細胞瘤分泌大量胃泌素所致，腫瘤往往較小，生長慢，多為惡性。大量胃泌素導致胃酸分泌量顯著增高，引起頑固性多發(fā)性潰瘍，不典型部位潰瘍（如十二指腸降段、橫段或空腸近端等），易并發(fā)出血、穿孔，多伴有腹瀉和明顯消瘦。胃液分析、血清胃泌素檢測和激發(fā)試驗（胰泌素試驗或鈣輸注試驗陽性）有助于胃泌素瘤定性診斷，而超聲檢查（包括超聲內鏡）、CT、MRI、選擇性血管造影術等有助于定位診斷。

5、克羅恩病

累及胃和十二指腸的克羅恩病較少，不超過5%。少數有胃灼熱、上腹痛、吞咽困難和嘔吐，甚至幽門梗阻，大多數可無癥狀。內鏡下表現為深潰瘍或阿弗他潰瘍，周圍充血、結節(jié)樣隆起或狹窄。部分活檢標本可見肉芽腫病變有助于鑒別診斷。鑒別還可借助于超聲內鏡、CT、MRI和腸鏡檢查。