去生活,去犯錯(cuò),去跌倒,去勝利,去用生命再創(chuàng)生命。
—詹姆斯·喬伊斯《一個(gè)青年藝術(shù)家的畫(huà)像》
今年三月某個(gè)星期一的清晨,當(dāng)?shù)つ釥?middot;吉布森(Daniel Gibson)博士走進(jìn)實(shí)驗(yàn)室的時(shí)候,他發(fā)現(xiàn)粉紅色半透明的瓊脂上靜悄悄地長(zhǎng)出了淡藍(lán)色、”荷包蛋形狀”的菌落。兩個(gè)月后,領(lǐng)導(dǎo)這項(xiàng)研究的克雷格·文特爾(Craig Venter)博士不無(wú)驕傲地向媒體宣稱(chēng):“在這顆星球上所有能夠自我復(fù)制的生命體中,我們首次擁有了這樣的一員——它的父母,是一臺(tái)電腦。”
“這是生命科學(xué)和生物技術(shù)發(fā)展中具有決定性意義的一刻”,美國(guó)俄勒岡里德大學(xué)的哲學(xué)家馬克·貝鐸(MarkBedau)博士說(shuō)——在千萬(wàn)年來(lái)不斷干涉自然進(jìn)化、制造新物種的人類(lèi)史中,我們第一次利用最基本的建筑材料,從一個(gè)個(gè)字母開(kāi)始書(shū)寫(xiě)生命的密碼。一時(shí)間,全球各大媒體競(jìng)相報(bào)道“首例人造生命終獲成功”,許多群眾憂(yōu)心忡忡“如果這樣的技術(shù)落在恐怖主義者手中該如何是好”,而一些宗教人士則警告“人類(lèi)不應(yīng)試圖扮演神的角色”?墒牵ㄎ奶貭栐趦(nèi)的許多科學(xué)家卻強(qiáng)調(diào),這不過(guò)是“嬰兒的一步”,不少擔(dān)憂(yōu)尚屬杞人憂(yōu)天。加州理工的大衛(wèi)·巴爾的摩(DavidBaltimore)教授更是指出,這項(xiàng)研究不過(guò)是對(duì)原有技術(shù)擴(kuò)大規(guī)模,并不具備里程碑式的科學(xué)意義。而且,“他(文特爾)并未創(chuàng)造生命,僅僅是仿造生命而已。”
文特爾自己反復(fù)聲明:這項(xiàng)研究成就的真正意義,在于它給出了技術(shù)和理論上的可行性證明。邁過(guò)了這第一步,他和他的同事們終于可以開(kāi)始著手解答那些令他們著迷的、有關(guān)生命本質(zhì)的問(wèn)題。而他們當(dāng)年提出那些問(wèn)題時(shí),誰(shuí)也不曾想到,這第一步竟然如此漫長(zhǎng)艱難。那么,這究竟是一項(xiàng)什么樣的研究?生命究竟如何被科學(xué)家們書(shū)寫(xiě)?它又有什么意義?要回答這些問(wèn)題,讓我們將一切從頭說(shuō)起。
十五年前的問(wèn)題
一九九五年,由文特爾、克萊德·哈奇森(ClydeHutchison)漢米爾頓·史密斯(HamiltonSmith)領(lǐng)導(dǎo)的研究團(tuán)隊(duì)測(cè)定了一種叫做生殖支原體(Mycoplasmagenitalium)的細(xì)菌的遺傳密碼序列。這是繼嗜血桿菌(Haemophilus influenzae)之后,人類(lèi)第二次測(cè)定一種能夠自主生存的生命體的DNA編碼——那時(shí),基因測(cè)序技術(shù)剛剛起步,要等到五年之后,文特爾才會(huì)現(xiàn)身白宮,由克林頓宣布人類(lèi)基因組計(jì)劃順利完成。
生殖支原體是一種很小的細(xì)菌,生活在人類(lèi)的生殖道或呼吸道中。直到2002年,在所有人類(lèi)發(fā)現(xiàn)的能夠自主復(fù)制的物種中,它擁有最小的基因組:它的所有遺傳密碼都寫(xiě)在一個(gè)圓圈狀的染色體內(nèi),一共只有不到六十萬(wàn)對(duì)堿基,517個(gè)基因(我們?nèi)祟?lèi),每個(gè)細(xì)胞里都有二十三對(duì)染色體,三十多億對(duì)堿基,兩萬(wàn)來(lái)個(gè)基因)。這樣短小精悍的遺傳密碼,引得文特爾和同事們思索這樣一個(gè)頗具哲學(xué)意味的問(wèn)題:我們能否從基因的角度,來(lái)探索生命的底線,追問(wèn)生命的本質(zhì)?換言之,我們能否找到一個(gè)自主生命所需要的最小遺傳信息?
若想知道生殖支原體是否已經(jīng)包含有最簡(jiǎn)化的基因組合,一個(gè)常見(jiàn)的策略是做減法:把基因從基因組里敲除掉。如果丟失某個(gè)基因之后細(xì)菌仍然可以存活,就說(shuō)明它并非生命體存在的必要條件。利用這種方法,文特爾的研究隊(duì)伍從生殖支原體中找到了一百多個(gè)“沒(méi)用”的基因。可是,這并不能為我們提供問(wèn)題的最終答案,因?yàn)樵S多基因有著相似的功能——譬如,有三個(gè)基因都掌管糖代謝,當(dāng)你一次只去掉其中一個(gè)的時(shí)候,很可能并不影響細(xì)菌的存活,但如果你就此推出這三個(gè)基因全都不重要就大錯(cuò)特錯(cuò)了。所以,如果簡(jiǎn)單地從生殖支原體的基因組里減掉這一百多個(gè)基因,很可能并不能得到一個(gè)能夠存活的細(xì)菌。而要嘗試不同組合,一次敲除多個(gè)基因,相當(dāng)費(fèi)時(shí)費(fèi)事,持續(xù)做減法的道路走不通。于是,文特爾有了一個(gè)前所未有地大膽想法:通過(guò)電腦設(shè)計(jì),人工合成不同的基因組合,再把它們導(dǎo)入去掉染色體的細(xì)胞中,看看能否得到鮮活的細(xì)菌。
組裝密碼
要人造細(xì)菌,技術(shù)上存在兩大難題。第一是化學(xué)難題——如何組裝大型的DNA染色體?第二個(gè)則是生物難題——如何將組裝好的染色體移植到細(xì)菌之中,并保證它能夠正常工作?于是,文特爾在研究所里成立了兩支隊(duì)伍,在兩個(gè)方向上平行工作。
最初的成果,來(lái)自于DNA組裝。
2003年,人類(lèi)基因組計(jì)劃的競(jìng)賽已經(jīng)塵埃落定,我們閱讀(測(cè)序)DNA的準(zhǔn)確性和速度突飛猛進(jìn),可與此同時(shí),書(shū)寫(xiě)(合成)DNA的能力卻依然相當(dāng)有限。常見(jiàn)的合成長(zhǎng)度只不過(guò)是幾十到幾百個(gè)堿基,稍微長(zhǎng)一些,錯(cuò)誤率就很高。2002年,紐約州立大學(xué)石溪分校艾克德·威莫(EckardWimmer)教授所帶領(lǐng)的團(tuán)隊(duì)首次合成了長(zhǎng)達(dá)七千多堿基的脊髓灰質(zhì)炎病毒,可是,這一項(xiàng)目花費(fèi)了他們整三年的時(shí)間。文特爾他們意識(shí)到,要快速、直接合成上千堿基的長(zhǎng)鏈DNA,需要對(duì)當(dāng)時(shí)的合成技術(shù)進(jìn)行革新。
那一年,六十多歲的哈奇森博士和七十多歲的諾貝爾獎(jiǎng)獲得者史密斯博士“像年輕博士后一樣”通宵達(dá)旦地工作,終于使用一種創(chuàng)新技術(shù),僅僅用了14天,就合成出五千多個(gè)堿基的fX174病毒DNA序列。正確率?百分之百。“那時(shí)我們意識(shí)到,起碼我們有能力制造許多這樣病毒大小的DNA序列,然后把他們拼接起來(lái),組裝出上百萬(wàn)個(gè)堿基的大染色體。”文特爾說(shuō)。這句話(huà)說(shuō)得輕描淡寫(xiě),實(shí)際上,為了成功地完成這一過(guò)程,文特爾的團(tuán)隊(duì)將會(huì)為此工作五年之久。
他們首先按照生殖支原體的遺傳密碼序列,合成了長(zhǎng)度在五千到七千堿基左右的DNA鏈條,然后分五步將短鏈條逐級(jí)拼成長(zhǎng)鏈條。在初期,每一次拼接之后,研究者們都把所得的DNA轉(zhuǎn)入大腸桿菌中,通過(guò)細(xì)菌的繁殖來(lái)大量生產(chǎn)DNA片段?墒牵麄儼l(fā)現(xiàn),當(dāng)拼接進(jìn)行到第三層,也就是所得長(zhǎng)度達(dá)到1/8個(gè)染色體時(shí),由于DNA分子過(guò)大,再也不能在大腸桿菌中穩(wěn)定存在。這時(shí),他們把眼光轉(zhuǎn)向了更為高級(jí)的單細(xì)胞真核生物——酵母菌。經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn),他們發(fā)現(xiàn)可以利用酵母菌體內(nèi)一種叫做“同源重組”的機(jī)制,自動(dòng)完成鏈條拼接,最終獲得上百萬(wàn)堿基長(zhǎng)度的DNA。2008年,以吉布森博士為首的小分隊(duì)終于成功地合成了含有五十多萬(wàn)堿基的生殖支原體的染色體。這一結(jié)果發(fā)表在《科學(xué)》上。
鳩占鵲巢
花開(kāi)兩朵,各表一枝。在化學(xué)小組挑戰(zhàn)DNA合成新紀(jì)元的時(shí)候,生物小組也有不凡業(yè)績(jī)。早在成功合成生殖支原體基因組的前一年,由卡羅拉·拉蒂格(CaroleLartigue)博士帶領(lǐng)的研究組就已在《科學(xué)》上發(fā)表文章,描述如何使得來(lái)自一種細(xì)菌的染色體全面控制另一種細(xì)菌,將后者改頭換面,變成前者。這被文特爾譽(yù)為“哲學(xué)上來(lái)說(shuō),我們發(fā)表的文章中最重要的之一”,因?yàn)?ldquo;它展示了生命具有怎樣的動(dòng)態(tài)”。
在這項(xiàng)研究里,科學(xué)家們從細(xì)菌“絲狀支原體”(Mycoplasma Mycoides)中提取遺傳物質(zhì),放入近親“山羊支原體”(Mycoplasma Capricolum)體內(nèi)——兩者間的親緣關(guān)系“跟老鼠和人類(lèi)差不多”,文特爾說(shuō)。經(jīng)過(guò)移植,山羊支原體的細(xì)胞內(nèi)有了新舊兩個(gè)染色體,在它發(fā)生分裂時(shí),所產(chǎn)生的兩個(gè)子細(xì)胞將各自繼承一條染色體。由于只有來(lái)自絲狀支原體的新染色體上帶有抵抗四環(huán)素的基因,當(dāng)這些細(xì)菌被養(yǎng)在含有四環(huán)素的環(huán)境中時(shí),唯有那些繼承了絲狀支原體遺傳物質(zhì)的細(xì)菌才能存活下來(lái)。就這樣,利用自然選擇,外來(lái)的DNA勝出。振奮人心的是,當(dāng)科學(xué)家們觀察這些本來(lái)的“山羊支原體”時(shí),發(fā)現(xiàn)它們完全忘記了自己的本性,開(kāi)始一絲不茍地按照外來(lái)遺傳信息制造蛋白質(zhì)、在環(huán)境中生存,變成了徹頭徹尾的絲狀支原體——基因組移植成功了。
現(xiàn)在,兩個(gè)小組都達(dá)到了最初制定的目標(biāo),人造生命豈非指日可待了?且慢鼓掌,還有意想不到的阻隔在前方。
失之毫厘
首先,別忘了,要合成大型基因組,需要這些人造染色體去酵母體內(nèi)走一遭。怎樣把真核細(xì)胞酵母體內(nèi)“長(zhǎng)出”的染色體收割出來(lái),移植到原核生物細(xì)菌里去,就讓科學(xué)家們大費(fèi)周章。更糟糕的是,當(dāng)他們最終成功地做到這一點(diǎn)時(shí),卻失望的發(fā)現(xiàn),來(lái)自酵母體內(nèi)的細(xì)菌染色體并不能被成功地移植到受體細(xì)菌中,無(wú)法將后者改頭換面。哪怕是曾經(jīng)被拉蒂格用來(lái)成功改造山羊支原體的那些染色體,只要去酵母之中打個(gè)滾,就失去了改造功能。那么,在酵母的肚子里,究竟發(fā)生了什么奇怪的事情,讓這些染色體“失效”了呢?
“這一個(gè)小問(wèn)題,耗費(fèi)了我們整整兩年。”文特爾說(shuō)。為了縮短實(shí)驗(yàn)周期,盡快找到突破點(diǎn),他們完全拋棄了生長(zhǎng)緩慢的生殖支原體,聚焦在后來(lái)所用的兩種細(xì)菌身上。經(jīng)過(guò)多次重復(fù)實(shí)驗(yàn),他們最終發(fā)現(xiàn),其中的奧妙隱藏在一個(gè)小小的化學(xué)基團(tuán)之后:在細(xì)菌悠久的進(jìn)化歷史中,它們總是受到其他物種的侵略——譬如來(lái)自病毒的感染。為了生存,細(xì)菌進(jìn)化出自衛(wèi)隊(duì),使用一種叫做限制性?xún)?nèi)切酶的蛋白質(zhì),把外來(lái)的DNA碎撕萬(wàn)段?墒,如何保護(hù)自己的DNA不會(huì)反受其害呢?它們給自己的染色體上加上了特殊的化學(xué)修飾——把一個(gè)個(gè)小小的甲基,放在DNA的特定位置上,作為“自己人”的辨識(shí)標(biāo)記。
在拉蒂格的實(shí)驗(yàn)中,由于移植的DNA直接從絲狀支原體取出,它們上面還帶著細(xì)菌體內(nèi)甲基的修飾印記,所以不會(huì)被山羊支原體體內(nèi)的內(nèi)切酶切碎。可是,來(lái)自酵母體內(nèi)的染色體則不會(huì)帶有這樣的化學(xué)記號(hào),自然一進(jìn)入受體細(xì)菌就香消玉殞了。弄清楚了這一點(diǎn),文特爾他們很快找到了兩種解決方法——要不給酵母體內(nèi)收割來(lái)的染色體加上甲基修飾,要不把受體細(xì)菌體內(nèi)的內(nèi)切酶事先消滅掉。這樣,他們終于掃清了最后一處障礙,可以從一個(gè)個(gè)堿基開(kāi)始,用最基礎(chǔ)的遺傳密碼組建生命。
他們選擇絲狀支原體的遺傳序列作為合成藍(lán)本?墒侨绾尾拍軈^(qū)別合成出來(lái)的DNA和天然的DNA呢?科學(xué)家們?cè)贒NA里加入了四段“加密水印”。我們知道,DNA由四種堿基——也就是四個(gè)字母組成,當(dāng)DNA被翻譯成蛋白質(zhì)時(shí),每三個(gè)堿基被翻譯成一個(gè)氨基酸,而每個(gè)氨基酸則有一個(gè)英文字母作為名字。可是,英文字母有26個(gè),氨基酸卻只有20種,顯然還不太夠用。于是科學(xué)家們?cè)诖嘶A(chǔ)上,又設(shè)計(jì)了更為復(fù)雜的密碼系統(tǒng),包括所有的字母,還能加入標(biāo)點(diǎn)符號(hào)。這樣,他們不但用DNA序列來(lái)書(shū)寫(xiě)自己的名字和郵箱,還替這條人造染色體建立了自己的網(wǎng)頁(yè),把網(wǎng)址也寫(xiě)在遺傳序列之中。最后,他們甚至發(fā)揮了一點(diǎn)文青的浪漫氣息,在其中一段水印中寫(xiě)下了三條頗具詩(shī)意的名言,本文的題記,就是其中之一。
經(jīng)過(guò)修訂,最后由電腦設(shè)計(jì)的染色體有1,077,947個(gè)堿基對(duì)。這一次,文特爾組里的科學(xué)家們無(wú)需再親自動(dòng)手合成病毒基因組大小的短鏈,因?yàn)樯锨A基的DNA合成已經(jīng)商業(yè)化,可以直接從公司購(gòu)買(mǎi)。接下來(lái),按照短鏈拼長(zhǎng)鏈的已有技術(shù),上百萬(wàn)個(gè)堿基被人工粘貼在一起,組成完整的染色體。再通過(guò)甲基修飾,轉(zhuǎn)入山羊支原體的細(xì)胞。大功告成?不,實(shí)驗(yàn)又一次失敗了,轉(zhuǎn)入的基因組沉默地躺在受體細(xì)胞內(nèi)部,絲毫不能發(fā)揮作用。
于是科學(xué)家們開(kāi)始了艱苦的糾錯(cuò)任務(wù)——面對(duì)含有一百多萬(wàn)個(gè)堿基的染色體,談何容易。他們一段段地檢查,終于在三個(gè)月之后,找到了罪魁禍?zhǔn)。在一個(gè)關(guān)鍵基因上,丟失了僅僅一個(gè)堿基。這真是讓人驚嘆:在這本上百萬(wàn)個(gè)字母組成的天書(shū)中,有的地方異常關(guān)鍵,一個(gè)字母也錯(cuò)不得;而有的地方卻驚人的寬容,研究者們可以隨心所欲地放入大段詩(shī)章,也不影響染色體正常的功能。這再一次展示了生命的復(fù)雜奧秘。
終于,可以回到開(kāi)頭的那一刻——由電腦設(shè)計(jì)、人工合成的染色體,成功地在另一個(gè)細(xì)胞里譜寫(xiě)生命。除了回答“生命的最簡(jiǎn)基因組合是什么”這樣純理論性的問(wèn)題,合成基因組的技術(shù)很可能具有更為廣泛的運(yùn)用前景,文特爾希望用它快速高效地制造疫苗,甚至利用它改造生命,創(chuàng)造出“吃的是二氧化碳,擠的是新能源”的細(xì)菌,一舉解決全球變暖和能源危機(jī)兩大問(wèn)題。
喧囂與真相
在研究者做出一步步接近他們目標(biāo)的過(guò)去數(shù)年中,隨著每一次突破的產(chǎn)生,“人工合成生命”一類(lèi)吸引眼球的標(biāo)題總是迅速如潮水般涌向人們的視野?墒,正如許多科學(xué)家指出,文特爾的團(tuán)隊(duì)也反復(fù)強(qiáng)調(diào)的,他們所做的,遠(yuǎn)非大眾所想象的那樣,“玩弄上帝之手”。首先,他們所合成的,并非整個(gè)細(xì)胞,而只是細(xì)胞的一部分——染色體。當(dāng)染色體被移植到受體細(xì)菌內(nèi)時(shí),它只不過(guò)利用了細(xì)胞質(zhì)中原有的生命材料和機(jī)制,制造自己的蛋白質(zhì)。這更像給電腦換了個(gè)操作系統(tǒng),而并非購(gòu)置一臺(tái)新電腦。而且,正如前文所述,這條人工合成的染色體,幾乎完全以自然界里已有的基因組為模板,科學(xué)家們除了加入一些無(wú)傷大雅、不能改變功能的花俏字符,并沒(méi)有任何大規(guī)模的創(chuàng)新生命的舉動(dòng)。
至于瘋狂的人是否會(huì)利用這種新方法,制造出各式恐怖的生物武器,這樣的可能性更加遙遠(yuǎn)。正如《科學(xué)》報(bào)道指出:“這項(xiàng)技術(shù)的復(fù)雜性決定了它此刻對(duì)任何潛在的恐怖主義者毫無(wú)吸引力。”同時(shí),我們對(duì)生物的認(rèn)識(shí),還遠(yuǎn)遠(yuǎn)沒(méi)有達(dá)到可以隨心所欲地、像拼積木一樣把一堆特定基因湊在一起就得到特定生命形式的目的。考慮到為了走出這技術(shù)發(fā)展的第一步,這些優(yōu)秀的科學(xué)家們花上了十五年的光陰,我們大約有理由保持謹(jǐn)慎的欣慰,不必?fù)?dān)心世界在一周之后就興起幡然巨變。
然而,毫無(wú)疑問(wèn),如同科學(xué)史上許多進(jìn)展一樣,這項(xiàng)研究的意義延展到科學(xué)以外。近年來(lái),隨著“合成生物學(xué)”領(lǐng)域變得炙手可熱,它對(duì)人類(lèi)的意義也成為專(zhuān)家學(xué)者與普通大眾的討論熱點(diǎn)。當(dāng)分子生物學(xué)家們從技術(shù)的角度對(duì)吉布森的工作品頭論足時(shí),社會(huì)學(xué)家則傾向于從哲學(xué)的高度來(lái)重新思考生命和生活的本質(zhì),而政府工作人員卻思考著它將如何影響國(guó)家與人民安全。此時(shí),親手做出這些成就的科學(xué)家們,是否能清楚、準(zhǔn)確、坦率、客觀地向領(lǐng)域之外的公眾講清自己研究的內(nèi)容與意義,則有著無(wú)比關(guān)鍵的作用。所幸的是,研究者們并未忽視這一點(diǎn),在《科學(xué)》論文的最后一段,吉布森和其他作者寫(xiě)道:
“從工作早期開(kāi)始,我們就致力于推動(dòng)有關(guān)合成生命的倫理學(xué)討論。眼下,合成基因組技術(shù)的應(yīng)用性變得更加廣闊。我們預(yù)期,這項(xiàng)工作將會(huì)繼續(xù)引發(fā)具有深遠(yuǎn)的社會(huì)與倫理學(xué)影響的哲學(xué)討論。我們鼓勵(lì)持續(xù)性的對(duì)話(huà)。”
下一條·醫(yī)生緩解壓力有妙招
1、凡本網(wǎng)注明“來(lái)源:醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)”的所有作品,版權(quán)均屬醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)所有,未經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)不得轉(zhuǎn)載、鏈接、轉(zhuǎn)貼或以其他方式使用;已經(jīng)本網(wǎng)授權(quán)的,應(yīng)在授權(quán)范圍內(nèi)使用,且必須注明“來(lái)源:醫(yī)學(xué)教育網(wǎng)”。違反上述聲明者,本網(wǎng)將追究其法律責(zé)任。
2、本網(wǎng)部分資料為網(wǎng)上搜集轉(zhuǎn)載,均盡力標(biāo)明作者和出處。對(duì)于本網(wǎng)刊載作品涉及版權(quán)等問(wèn)題的,請(qǐng)作者與本網(wǎng)站聯(lián)系,本網(wǎng)站核實(shí)確認(rèn)后會(huì)盡快予以處理。
本網(wǎng)轉(zhuǎn)載之作品,并不意味著認(rèn)同該作品的觀點(diǎn)或真實(shí)性。如其他媒體、網(wǎng)站或個(gè)人轉(zhuǎn)載使用,請(qǐng)與著作權(quán)人聯(lián)系,并自負(fù)法律責(zé)任。
3、本網(wǎng)站歡迎積極投稿
4、聯(lián)系方式:
編輯信箱:mededit@cdeledu.com
電話(huà):010-82311666
010 82311666
400 650 1888