關(guān)于微生物的發(fā)現(xiàn)，首先觀察到微生物的是荷蘭人列文虎克（Antory Van Leeuwenhoek，1632～1723）。他于1676年用自磨鏡片制造了世界上第一架顯微鏡（約放大40～270倍），并從雨水、池塘水等標(biāo)本中第一次觀察和描述了各種形態(tài)的微生物，為微生物的存在提供了有力證據(jù)，亦為微生物形態(tài)學(xué)的建立奠定了基礎(chǔ)。

19世紀60年代，歐洲一些國家占重要經(jīng)濟地位的釀酒的工業(yè)和蠶絲業(yè)發(fā)生酒類變質(zhì)和蠶病危害等，促進了人們對微生物的研究。法國科學(xué)家巴斯德（Louis Pasteur，1822～1895）首先實驗證明有機物質(zhì)的發(fā)酵與腐敗是由微生物所引起。而酒類變質(zhì)是因污染了雜菌，從而推翻了當(dāng)時盛行的自然發(fā)生說。巴斯德的研究開創(chuàng)了微生物的生理學(xué)時代。人們認識到不同微生物間不僅有形態(tài)學(xué)上的差異，在生理學(xué)特性上亦有所不同，進一步肯定了微生物在自然界中所起的重要作用。自此，微生物開始成為一門獨立學(xué)科。

巴斯德創(chuàng)用的加溫處理以防酒類變質(zhì)的消毒法，就是至今仍沿用于酒類和乳類的巴氏消毒法。在巴斯德的影響下，英國外科醫(yī)生李斯德（Joseph Lister，1827～1912）創(chuàng)用石炭酸噴灑手術(shù)室和煮沸手術(shù)用具，為防腐、消毒以及無菌操作打下基礎(chǔ)。

微生物學(xué)的另一奠基人是德國學(xué)者郭霍（Robert Koch，1843～1910）。醫(yī)學(xué)`教育網(wǎng)搜集整理他創(chuàng)用固體培養(yǎng)基，可將細菌從環(huán)境或病人排泄物等標(biāo)本中分離成單一菌落，便于對各種細菌分別研究。同時又創(chuàng)用了染色方法和實驗性動物感染，為發(fā)現(xiàn)各種傳染病的病原體提供了有利條件。在19世紀的最后20年中，大多數(shù)細菌性傳染病的病原體由郭霍和在他帶動下的一大批學(xué)者發(fā)現(xiàn)并分離培養(yǎng)成功。

俄國學(xué)者伊凡諾夫斯基（Nвановский）于1892年發(fā)現(xiàn)了第一種病毒即煙草花葉病病毒。1897年Loeffler和Frosch發(fā)現(xiàn)動物口蹄疫病毒。1901年美國學(xué)者Walter-Reed首先分離出對人類致病的黃熱病毒。1915年英國學(xué)者Twort發(fā)現(xiàn)了細菌病毒（噬菌體）。以后相繼分離出人類和動、植物的許多病毒。

免疫學(xué)的興起 18世紀末，英國琴納（Edward Jenner，1749～1823）創(chuàng)用牛痘預(yù)防天花；隨后巴斯德研制雞霍亂、炭疸和狂犬病疫苗成功，為免疫學(xué)和預(yù)防醫(yī)學(xué)開辟了途徑。人們對抗感染免疫的本質(zhì)的認識是從19世紀末開始的。德國學(xué)者Behring在1891年用含白喉抗毒素的動物免疫血清成功地治愈一白喉患兒，引起科學(xué)家們注意從血清中尋找殺菌物質(zhì)，導(dǎo)致血清學(xué)的發(fā)展。由于各人研究的領(lǐng)域和重點有別，當(dāng)時關(guān)于機體抗感染免疫的解釋存在兩種不同的學(xué)術(shù)觀點：以歐立希（Poul Ehrlich，1854～1916）為代表的體液免疫學(xué)派認為機體的免疫力與血液及其他體液中的殺菌物質(zhì)有關(guān)，主要是特異性抗體的作用；而以梅契尼科夫為代表的細胞免疫學(xué)派則認為吞噬細胞的作用才是機體免疫力的主要因素。醫(yī)學(xué)`教育網(wǎng)搜集整理不久，Wright在血清中發(fā)現(xiàn)了調(diào)理素，并證明吞噬細胞的作用在體液因素參與下可大為增強，兩種免疫因素是相輔相成的，從而使人們對免疫機理有了較全面的認識，促進了免疫學(xué)的進一步發(fā)展。

化學(xué)治療劑和抗生素的發(fā)明首先合成化學(xué)治療劑的是歐立希，他在1910年合成治療梅毒的砷凡納明，后又合成新砷凡納明，開創(chuàng)了微生物性疾病的化學(xué)治療途徑。醫(yī)學(xué)`教育網(wǎng)搜集整理以后又有一系列磺胺藥相繼合成，在治療傳染性疾病中廣泛應(yīng)用。1929年Fleming首先發(fā)現(xiàn)青霉菌產(chǎn)生的青霉素能抑制金黃色葡萄球菌的生長，但直到1940年Florey等將青霉菌培養(yǎng)液加以提純，才獲得青霉素純品，并用于治療感染性疾病，取得了驚人的效果。青霉素的發(fā)現(xiàn)和應(yīng)用極大地鼓舞了微生物學(xué)家，隨后鏈霉素、氯霉素、金霉素、土霉素、四環(huán)素、紅霉素等抗生素不斷被發(fā)現(xiàn)并廣泛應(yīng)用于臨床。