如有以下情況應考慮本病：①中青年患者有腸外結(jié)核，主要是肺結(jié)核；②臨床表現(xiàn)有腹瀉、腹痛、右下腹壓痛，也可有腹塊、原因不明的腸梗阻，伴有發(fā)熱、盜汗等結(jié)核毒血癥狀；②X線鋇餐檢查發(fā)現(xiàn)回盲部有跳躍征、潰瘍、腸管變形和腸腔狹窄等征象；④結(jié)腸鏡檢查發(fā)現(xiàn)主要位于回盲部的腸黏膜炎癥、潰瘍、炎癥息肉或腸腔狹窄，活檢如見于酪樣壞死性肉芽腫或結(jié)核分枝桿菌具確診意義；⑤PPD（結(jié)核菌素）試驗強陽性。對高度懷疑腸結(jié)核的病例。如抗結(jié)核治療（2～6周）有效，可作出腸結(jié)核的臨床診斷。對診斷有困難病例，主要是增生型腸結(jié)核，有時需經(jīng)剖腹探查才能確診。

　　鑒別診斷需考慮下列疾病：1.克羅恩（Crohn）病本病的臨床表現(xiàn)、X線及內(nèi)鏡檢查所見常與腸結(jié)核酷似，需仔細鑒別。鑒別要點：①無腸外結(jié)核證據(jù)；②有緩解與復發(fā)傾向，病程一般更長；③X線發(fā)現(xiàn)病變雖以回腸末段為主，但可有其他腸段受累，并且呈節(jié)段性分布；④更易并發(fā)瘺管或肛門直腸周圍病變；⑤抗結(jié)核藥物治療無效；⑥鑒別診斷有困難而行剖腹探查者，切除標本及周圍腸系膜淋巴結(jié)均無結(jié)核證據(jù)，病理特點為非干酪肉芽腫醫(yī).學教育網(wǎng)搜集整理形成，鏡檢與動物接種均無結(jié)核分枝桿菌發(fā)現(xiàn)。

　　2.阿米巴病或血吸蟲病性肉芽腫 既往有相應感染病史。常見膿血便。糞便常規(guī)或孵化檢查發(fā)現(xiàn)有關(guān)病原體。結(jié)腸鏡檢查有助鑒別診斷。相應特效治療有效。

　　3.右側(cè)結(jié)腸癌 比腸結(jié)核發(fā)病年齡大，常在40歲以上。一般無發(fā)熱、盜汗等結(jié)核毒血癥表現(xiàn)。X線檢查主要見鋇劑充盈缺損，病變局限在結(jié)腸。結(jié)腸鏡檢查及活檢可確定結(jié)腸癌診斷。

　　4.其他 腸結(jié)核有時還應與腸惡性淋巴瘤、耶爾森桿菌腸炎及一些少見的感染性腸病如非典型分枝桿菌（多見于艾滋病患者）、性病性淋巴肉芽腫、梅毒侵犯腸道、腸放線菌病等鑒別。以發(fā)熱為主要表現(xiàn)者需與傷寒等長期發(fā)熱性疾病相鑒別。