南京市中醫(yī)院建于1956年，是南京市唯一的一所市級綜合性中醫(yī)醫(yī)院，1995年被評為三級甲等中醫(yī)醫(yī)院，1996年成為南京中醫(yī)藥大學(xué)第三附屬醫(yī)院，承擔(dān)著南京地區(qū)中醫(yī)醫(yī)療、教學(xué)、科研任務(wù)。

全院占地面積20752平方米，建筑面積26047平方米，固定資產(chǎn)2155萬元，醫(yī)療設(shè)備1020萬元，萬元以上設(shè)備110臺件，設(shè)病床600張，年門診量40多萬人次，年收治住院病人4000余人次。

南京中醫(yī)院設(shè)有臨床科室25個，醫(yī)技科室15個，開展41個專業(yè)，14個實(shí)驗(yàn)室，9個診療中心，并有多項(xiàng)省級特色項(xiàng)目。其中婦產(chǎn)科為江蘇省重點(diǎn)學(xué)科，也是南京首家開展婦科產(chǎn)科微創(chuàng)手術(shù)的三甲醫(yī)院。醫(yī)'學(xué)教育網(wǎng)|整理是江蘇科研先進(jìn)單位，是“解放軍醫(yī)學(xué)院，江蘇中醫(yī)學(xué)院”等院校的實(shí)習(xí)基地，并多次受到南京市政府的嘉獎和鼓勵，先后被授予"總后十佳先進(jìn)集體"、"先進(jìn)基層黨組織"、"南京市醫(yī)療質(zhì)控先進(jìn)單位"、"全國百姓誠信示范醫(yī)院"、"最具影響力品牌醫(yī)院"、"省市醫(yī)保定點(diǎn)單位"、"新農(nóng)合定點(diǎn)單位"等多項(xiàng)榮譽(yù)稱號。

醫(yī)院技術(shù)力量雄厚，科室設(shè)置安全。全院753名職工中，衛(wèi)生技術(shù)人員557名，高級職稱71名，中級職稱167名，初級職稱319名，全國首批確定的500位名老中醫(yī)藥專家2名，省級名中醫(yī)7名，省名中西醫(yī)結(jié)合專家4名，市名中醫(yī)7名。全院有68位專業(yè)人員被南京中醫(yī)藥大學(xué)兼聘教學(xué)職務(wù)，教授19名副教授16名，講師43名，設(shè)臨床一級科室19個，醫(yī)技科室5個，其他業(yè)務(wù)科室12外。