南京醫(yī)科大學藥學院通過向國內外引進高層次學科帶頭人和學術骨干，并整合南京醫(yī)科大學原有的師資力量，目前已形成一支學歷層次高、教學經驗豐富、科研能力強的師資隊伍。學院現有教職員工65人，其中教師46人，實驗室技術人員12人，專職行政管理人員7人。教師中正副教授24人，博導7人、碩導17人，另有兼職正副教授12人。

學院現設有4個學系：化學系、藥理學與藥物化學系、藥物分析與藥劑學系以及臨床藥學系；一個江蘇省藥學實驗教學示范中心；6個研究中心，分別為：江蘇省基因藥物技術中心、醫(yī)學|教育網搜集整理應用藥物研究所、藥物分析測試中心、腦血管病研究室、天然藥物研究所、干細胞與神經再生研究所。涵蓋了化學、藥物化學、藥物制劑學、藥物分析學、藥理學、臨床藥學、天然藥物學等學科，其中藥理學科為國家重點學科，藥學一級學科為省級重點學科，藥物化學和藥物分析學為校重點學科。學院設立了藥學一級學科博士后科研流動站，具有藥學一級學科博士學位和碩士學位授權資格。