南京工業(yè)大學生物與制藥工程學院（簡稱“生工學院”）是國家生化工程技術研究中心和江蘇省工業(yè)生物技術創(chuàng)新中心的依托單位，是國家材料化學重點實驗室和國家級生物化學工程實驗教學示范中心的共建單位。擁有化學工程與技術博士后流動站；設有五個博士學位授權點、五個碩士學位授權點和三個工程領域工程碩士學位授權點。醫(yī)學教育|網搜集整理生物化工學科是國家重點學科；發(fā)酵工程是江蘇省重點學科；工業(yè)生物技術與醫(yī)藥制造入選江蘇高校優(yōu)勢學科建設工程項目。生物化工專業(yè)是江蘇省品牌專業(yè)和國家級特色專業(yè)；制藥工程專業(yè)是江蘇省品牌專業(yè)和教育部首批“卓越工程師培育計劃”試點專業(yè)；設有國際微生物能源研究所、生物資源工程研究所、生物能源與生物環(huán)保工程研究所、生物醫(yī)藥工程研究所、生物物理與化學合成研究所等科研機構。學院低碳能源實驗室和生物基材料實驗室的工作受到了溫家寶總理的視察和肯定。