南昌大學藥學系于2002年12月成立，目前有藥理學、藥物化學、天然藥物化學、藥劑學、藥物分析學、藥品營銷與藥事管理學、臨床藥理學、生物制藥、藥用植物與生藥學9個教研室，1個江西省研究生教育創(chuàng)新基地。

藥學系現有專職教師42人，其中博士生導師4人，碩士生導師21人，具有博士學位的教師17人。藥學系現有藥理學、藥物化學、藥物分析3個碩士學位點，在校碩士生100余人。2009年9月，藥學系獲批為首批江西省研究生教育創(chuàng)新基地。2010年藥學系獲藥學一級學科碩士授予權，計劃于2011年按一級學科招收研究生。藥學系現有三個全日制本科專業(yè)（含方向），分別為藥學專業(yè)藥學方向、藥品營銷方向、臨床醫(yī)學專業(yè)臨床藥學方向，目前在校生總數為608人。