廣西中醫(yī)藥大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院前身是廣西中醫(yī)藥大學(xué)醫(yī)療系，1989年改名為基礎(chǔ)部，1995年曾更名為醫(yī)學(xué)系，2000年12月正式命名為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。

基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院下設(shè)行政、教學(xué)、科研、學(xué)生工作四個辦公室，按中醫(yī)基礎(chǔ)學(xué)科類和西醫(yī)基礎(chǔ)學(xué)科類共設(shè)6個系（中醫(yī)基礎(chǔ)理論與經(jīng)典系、中醫(yī)診斷方藥系、中醫(yī)文史與各家學(xué)說系、人體形態(tài)學(xué)系、人體機(jī)能學(xué)系、公共衛(wèi)生系），21個教研室以及2個直屬實驗中心（中西醫(yī)基礎(chǔ)實驗教學(xué)中心、中醫(yī)基礎(chǔ)實驗研究中心）。擁有碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)7個（中醫(yī)基礎(chǔ)理論、中醫(yī)診斷學(xué)、中醫(yī)臨床基礎(chǔ)、中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)、方劑學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)、微生物與生化藥學(xué)）；4門省級精品課程（中醫(yī)基礎(chǔ)理論、中醫(yī)診斷學(xué)、中國醫(yī)學(xué)史、中西醫(yī)結(jié)合生理學(xué)）；1個國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科（中醫(yī)各家學(xué)說）醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理、1個廣西重點(diǎn)學(xué)科（中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)）、5個校級學(xué)科（中醫(yī)基礎(chǔ)理論、中醫(yī)臨床基礎(chǔ)、生理學(xué)、免疫學(xué)、人體解剖和組織胚胎學(xué)）；1個廣西重點(diǎn)實驗室（中醫(yī)基礎(chǔ)研究實驗室）、1個廣西高校教學(xué)示范中心（中西醫(yī)基礎(chǔ)實驗教學(xué)中心），2個國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研二級實驗室（分子生物學(xué)實驗室、神經(jīng)行為學(xué)實驗室）。