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牙本質(zhì)的間質(zhì)為礦化的間質(zhì)，其中有很細的膠原纖維，主要為Ⅰ型膠原。纖維的排列大部分與牙表面平行而與牙本質(zhì)小管垂直，彼此交織成網(wǎng)狀。在冠部靠近釉質(zhì)和根部靠近牙骨質(zhì)最先形成的牙本質(zhì)，膠原纖維的排列與小管平行，且與表面垂直，礦化均勻，鏡下呈現(xiàn)不同的外觀，在冠部者稱罩牙本質(zhì)，厚約10——15μm；在根部者稱透明層。在罩牙本質(zhì)和透明層以內(nèi)的牙本質(zhì)稱髓周牙本質(zhì)。

間質(zhì)中羥磷灰石晶體比釉質(zhì)中的小，這些晶體沉積于基質(zhì)內(nèi)，其長軸與膠原纖維平行。

間質(zhì)中的礦化并不是均勻的，在下列不同區(qū)域其鈣化程度不同：

（1）小管周牙本質(zhì)：在鏡下觀察牙本質(zhì)的橫剖磨片時，可清楚見到圍繞成牙本質(zhì)細胞突起周圍的間質(zhì)與其余部分不同，呈環(huán)形的透明帶，構(gòu)成牙本質(zhì)小管的壁，稱為管周牙本質(zhì)。管周牙本質(zhì)鈣化程度高，含膠原纖維少。

（2）小管間牙本質(zhì)：位于管周牙本質(zhì)之間。其中膠原纖維較多，礦化較管周牙本質(zhì)低。

（3）前期牙本質(zhì)：牙本質(zhì)的形成是持續(xù)性的，在成牙本質(zhì)細胞和礦化牙本質(zhì)之間是一層未鈣化的牙本質(zhì)，稱為前期牙本質(zhì)。

（4）小球間牙本質(zhì)：牙本質(zhì)的鈣化是由許多鈣質(zhì)小球融合而成的。在牙本質(zhì)鈣化不良時，鈣質(zhì)小球之間遺留一些未鈣化的間質(zhì)，其中仍有牙本質(zhì)小管通過，此未鈣化的區(qū)域稱為小球間牙本質(zhì)。小球間牙本質(zhì)主要見于牙冠部近釉牙本質(zhì)界處，沿著牙的生長線分布，大小不規(guī)則，其邊緣多呈凹形，很像許多相接球體之間的空隙。

（5）生長線：生長線又稱馮。埃布納（yon Ebner）線，是一些與牙本質(zhì)小管垂直的間歇線紋。它表示牙本質(zhì)的生長發(fā)育是周期性的，活動和靜止相互交替。牙本質(zhì)的形成是從牙尖開始的，有規(guī)律地成層進行。生長線有節(jié)律的間歇即為每天牙本質(zhì)沉積的厚度，約4——8μm.如發(fā)育期間受到障礙，則形成加重的生長線，稱為歐文線（Owen line）。乳牙和第一恒磨牙的牙本質(zhì)在出生前和出生后形成的牙本質(zhì)之間也有一明顯的生長線，即新生線。

（6）托姆斯顆粒層：在牙齒縱剖磨片中，可見根部牙本質(zhì)透明層的內(nèi)側(cè)有一層顆粒狀的未礦化區(qū)。磨片下為不透光的黑色區(qū)。其形成的原因有人認為是成牙本質(zhì)細胞突起的末端膨大，或為末端彎曲所成，也有人認為是礦化不全所致。

（7）繼發(fā)性牙本質(zhì)：當牙發(fā)育至根尖孔形成時，牙發(fā)育即完成，至此以前形成的牙本質(zhì)稱原發(fā)性牙本質(zhì)。但此后牙本質(zhì)仍在一生中不斷形成，這種牙發(fā)育完成后形成的牙本質(zhì)即繼發(fā)性牙本質(zhì)。繼發(fā)性牙本質(zhì)中牙本質(zhì)小管的走行方向較原發(fā)性者有較大的變異，小管也更不規(guī)則。繼發(fā)性牙本質(zhì)小管方向稍呈水平，使其與牙發(fā)育期所形成的原發(fā)性牙本質(zhì)之間常有一明顯的分界線。在髓腔特別是髓室內(nèi)側(cè)，繼發(fā)性牙本質(zhì)呈不均勻分布，受刺激大的區(qū)域繼發(fā)性牙本質(zhì)形成的也多。由于繼發(fā)性牙本質(zhì)不斷形成，使髓腔變小。

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