第一，水蛭素與水蛭肽抑制凝血酶的反應不需要抗凝血酶Ⅲ(AT—Ⅲ)作為輔助因子，使其抗凝作用與量效關系更吻合，而且可在缺乏抗凝血酶Ⅲ的病人(如彌漫性血管內凝血)中使用。

第二，肝素不能滅活結和于血栓上的凝血酶。而水蛭素與水蛭肽則對循環(huán)中的和結合于血栓上的凝血酶都可以抑制。

第三，肝素會被激活的血小板釋放的血小板因子4(PTF4)或富含組氨基酸的糖蛋白等結合，水蛭素與水蛭肽則不受這些因素的影響。

第四，水蛭素與水蛭肽用于抗血栓治療，出血副作用較小，且無過敏反應和免疫原性無毒反應。