預防本病的關鍵在于合理使用抗生素，但不要長時間、大劑量使用抗生素。

艱難梭菌的大多數(shù)菌株在體外對許多抗生素敏感，包括青霉素、四環(huán)素和喹喏酮類。但對由該菌引起的腸道病通常仍采用口服萬古霉素或滅滴靈治療。對于不能耐受口服抗生素治療的病人可采用腸道給藥。

研究發(fā)現(xiàn)，濫用抗生素已經使腸道艱難梭菌具有了的耐藥性。近年來，不斷有報道醫(yī)院內暴發(fā)艱難梭菌。2005年因感染艱難梭菌而導致的死亡人數(shù)，已經是1997年的兩倍。通常情況下，醫(yī)用酒精都不能殺滅艱難梭菌。以前抗生素是艱難梭菌的克星，但隨著濫用抗生素的日益普遍，艱難梭菌對抗生素也產生了的耐藥性，感染艱難梭菌而導致的死亡率越來越高。研究人員呼吁，人們要養(yǎng)成良好的生活習慣，飯前便后是用肥皂洗手，普通感冒不要亂服抗生素。