果糖也有一些缺點，在應(yīng)用中要對此有足夠的注意。

1）成本高于蔗糖

果葡糖漿的成本目前高于蔗糖。

而結(jié)晶果糖，由于生產(chǎn)工藝復(fù)雜，技術(shù)要求高，目前世界上只有少數(shù)國家能夠生產(chǎn)，成本比較高。

但果糖的成本與大多數(shù)糖醇類，低聚糖類都是可比的。可以預(yù)見，隨著果糖產(chǎn)量的進一步提高，生產(chǎn)技術(shù)的進步，果糖的成本會不斷降低。

2）果糖不耐

人群中有少數(shù)遺傳性果糖不耐受者，在攝入果糖后會發(fā)生低血糖反應(yīng)，并且腸胃不適。

3）需控制用量

果糖的攝入量不能過大。健康人每天果糖攝入量閾值為30～80 g （平均40g），過多攝入尤其是一次性過多攝入，會導(dǎo)致果糖吸收不良，引起腸胃反應(yīng)。

另外果糖代謝吸收快，和葡萄糖一樣能轉(zhuǎn)化合成甘油三酯，過分?jǐn)z入也會導(dǎo)致肥胖，高血脂。