根據(jù)結核菌感染的類型，應采取病灶部位的適當標本。如肺炎結核有采取咯痰（最好取早晨第一次咯痰，挑取帶血或膿痰）；腎或膀胱結核以無菌導尿或取中段尿液；腸結核采取糞便標本，結核性腦膜炎進行腰脊穿刺采取腦脊液；膿胸、肋膜炎、腹膜炎或骨髓結核等則穿刺取膿汁。

（一）直接涂片染色

咯痰可直接涂片。用萋～納氏法染色，若鏡檢找到抗酸性桿菌，可能是結核桿菌，但通常應報告：“查到抗酸性桿菌”，因標本中可能混雜有非致病性抗性抗酸桿菌，單憑形態(tài)染色不能確定是結核桿菌，需進一步分離培養(yǎng)鑒定。如標本中結核桿菌量少，雜菌和雜質多時，直接涂片不易檢出（一般需要每毫升痰液含有結核桿菌10萬個以上才能檢出），應濃縮集菌后，再涂片染色鏡檢，以提高檢出陽性率。

無菌直接采取的腦脊液、導尿或中段尿可直接用離心沉淀集菌。咯痰和糞便標本濃縮集菌因含雜功菌多，需用4%NaOH或3%HCL或6%H2SO4處理，然后，用離心沉淀法將結核桿菌濃縮聚集于管底，再取沉淀物涂片作抗酸染色檢查、分離培養(yǎng)或動物試驗。

（二）分離培養(yǎng)

結核桿菌生長緩慢，培養(yǎng)期長，當以酸堿中和濃縮集菌的沉淀物，接種于固體培養(yǎng)基上，以蠟封口防止干燥。37℃培養(yǎng)4～6周后檢查結果。根據(jù)生長緩慢，菌落干燥、顆粒狀、乳酪色象菜花狀，菌體染色抗酸性強，多數(shù)為結核桿菌。如菌落、菌體染色都不典型，則可能為非典型分枝桿菌，應進一步作鑒別試驗。

（三）動物試驗

常用豚鼠或地鼠鑒別凝似結核桿菌的分離培養(yǎng)物和毒力測定。取經(jīng)濃縮集菌處理的標本1.0毫升注射于豚鼠腹股溝皮下，經(jīng)3～4周飼養(yǎng)觀察，如出現(xiàn)局部淋巴結腫大，消瘦或結核菌素試驗陽性，可及時剖檢：若觀察6～8周后，仍未見發(fā)病者，也要剖檢。剖檢時應注意觀察淋巴結、肝、脾、肺等臟器有