由于形成包合物速度較慢，因此可能導致色譜峰峰形較差，同樣也影響了其在制備色譜中的應用。環(huán)糊精固定相的選擇性取決分析物的分子大??；α-環(huán)糊精只能允許單苯基或萘基進入，β-環(huán)糊精允許萘基及多取代的苯基進入，γ-環(huán)糊精僅用于大分子萜類。β-環(huán)糊精手性固定相應用范圍最廣。Ibuprofen通過β-環(huán)糊精色譜柱得到分離，說明了pH值對氫鍵的影響。當流動相的pH=7時，觀察不到拆分的跡象。pH=4時，可達到好的分離效果。通常分離氨基酸時，常采用低的pH值，以抑制酸性基團的離子化，同時也增強氨基的質子化。磷酸三乙胺鹽、乙酸三乙胺鹽證明對β-環(huán)糊精色譜柱來說是很好的緩沖液。通常緩沖液是0.1%三乙胺溶液，用磷酸或醋酸調節(jié)到合適的pH值。高的流速會降低形成復合物的能力，低流速分離效果較好，0.5-1ml/min的流速最好。另外，增加緩沖液的濃度可以克服流速的影響，因為它可以增加環(huán)糊精洞穴和流動相的吸引力。 醫(yī)學教.育網搜集整理

　　常用緩沖液及其使用濃度如下表所示：

　　pH值選擇見下表:

　　醇和胺 pH4(加強NH的離子化)        酸 pH7

　　優(yōu)化手性分離條件要考慮的方面有：pH值對分離度的影響；流速對分離度的影響；柱溫、有機相比例、緩沖鹽濃度對分離度的影響。

　　環(huán)糊精的修飾：最近，對環(huán)糊精的修飾使環(huán)糊精型手性色譜柱可以分離更多的化合物，并可用于氣相手性色譜分離。衍生化是通過將不同的基因鍵合到環(huán)糊精洞穴表面的羥基上。衍生化反應包括乙基化、S-羥基丙基化、生成S或R-萘基乙基氨基甲酸鹽、3，5二甲基苯基氨基甲酸鹽和環(huán)狀對甲苯酰酯。這些新型的環(huán)糊精固定相有許多優(yōu)點，它們可以分離更多化合物，價格上也有競爭力，由于改進了手性識別能力使其更適用于制備色譜。